Dr. med. Eugen Doernberger kam am 3. März 1867 als erstes Kind und Sohn von Ludwig Doernberger und Philippine Doernberger, geborene Dinkelsbühler, in München zur Welt. Seine Eltern betrieben eine Fabrik, in der Stoffe für Hüte hergestellt wurden. Eugen Dornberger hatte sieben jüngere Geschwister. Er studierte in München Medizin und erhielt 1891 seine ärztliche Approbation. 

1901 heiratete er Emilie Guggenheimer. Das Paar hatte zwei Kinder, Franz Kurt, geb. 1902 und Rudolf Karl, geb. 1907.

Dr. med. Eugen Doernberger war Kinderarzt, Geheimer Sanitätsrat und Hofrat. Er arbeitete im I. Weltkrieg als Schiffsarzt und versorgte während der Kämpfe um die Räterepublik in München 1919 Verwundete. Doernberger war aktiv im öffentlichen Gesundheitswesen. Er war bis 1933 Vorsitzender des Ausschusses für die berufsgerichtlichen Vorverfahren beim Ärztlichen Bezirksverein München-Stadt. Er war treibende Kraft beim Aufbau des Münchner Schularzstsystems. Er war aktiv in der jüdischen Gemeinde Münchens, hier hielt er Vorträge. Besonders kümmerte er sich um die Gesundheit der jüdischen Kinder in München, förderte Sport und Erhohlungsheime. Er war Vereinsarzt des Israelitischen Frauenvereins und seit 1896 Hausarzt der Lipschütz'schen Versorgungsanstalt.

In der NS-Zeit konnte sein Sohn Rudolf nach Montevideo emigrieren. Eugen Doernberger blieb jedoch in München. In der Ohmstraße 13 lebte er 1936/37 im Erdgeschoss. Eugen Doernberger starb am 21. März 1938 in München. Seine Witwe emigrierte im gleichen Jahr noch zu ihrem Sohn Rudolf nach Montevideo.